Đức Jamyang Khyentse sinh trong vùng Yaru Khyungchen Drak ở Dilgo thuộc Derge, miền Đông Tây Tạng vào ngày năm tháng sáu Tây Tạng năm Kim Thìn trong chu kỳ sáu mươi năm thứ mười bốn.