Nguyên nhân chính và rõ ràng nhất dẫn đến sự phân phái trong Phật giáo là do bất đồng về tư tưởng giáo lý, thể hiện qua năm việc mà Đại Thiên đề xướng. Giáo lý của Đức Phật chỉ có một nhưng hàng đệ tử hiểu lời Phật dạy khác nhau, phương thức tu tập khác nhau, cách tiếp nhận lời Phật dạy khác nhau, quan điểm về quả vị tu chứng khác nhau nên xẩy ra sự bất đồng trong đoàn thể Tăng-già, từ đó dẫn đến sự phân phái trong Phật giáo.