Trong quyển Cơ Sở Khoa Học của Thiền Chánh Niệm, nội dung nhấn mạnh đến những phương pháp thực hành Chánh Niệm. Nội dung quyển này chú trọng đến những khám phá mới về vận hành của não khi thực hành Chánh niệm qua ánh sáng khoa học.

Vào khoảng năm 1964 hay 65, Thầy Nguyễn Đăng Thục lúc đó là Khoa Trưởng Đại Học Văn Khoa Sài Gòn, tổ chức một buổi hội thảo bằng tiếng Anh, có sự tham dự của viên Giám Đốc Hội Việt Mỹ, với đề tài “Who Am I?”

Nụ cười của Đức Phật trên các pho tượng phản ảnh cho tâm an nhiên, tự tại. Cũng thế, các vị đại sư dành hết cuộc đời mình tu tập trong các hang động trên Hy Mã Lạp Sơn hay trong các rừng sâu ở Thái Lan có thể đạt tới mức an nhiên tự tại, còn những cư sĩ bình thường vẫn còn bận bịu với gia đình và đời sống như chúng ta thì sao?

Đây là hai vấn đề được thảo luận rất nhiều trong triết lý, cả Tây lẫn Đông. Chỉ nghiên cứu phần hiện tượng là Hiện tượng học (Phenomenology) của triết gia Husserl mở đầu cho các loại triết lý hiện sinh sau này (Existentialism).

Sau khi duy trì chánh niệm một thời gian, hành giả có thể ‘chứng đắc’ hai giai đoạn Hỷ và Xả. Dùng con mắt từ bi để nhìn và đối xử với chúng sinh mới là mục đích rốt ráo của việc tu hành. Giới sát là giới quan trọng nhất trong các giới cấm trong Phật giáo, kể cả sát hại vi sinh vật trong nước và côn trùng dù là con sâu cái kiến.

Sinh học Di Truyền đã làm một cuộc cách mạng trong Y khoa và đối với quần chúng gene được xem trong bộ Genome là những nhà độc tài mới. Ví dụ nếu chúng ta có một gene gây ra một bệnh di truyền huyết thống, thế hệ kế tiếp thế nào cũng mắc một bệnh tương tự, chạy trời không khỏi nắng!

Gần đây khi Thiền Chánh Niệm trở thành một phương pháp thông dụng trong các hoạt động y khoa, danh từ Tỉnh Thức (Mindful) trở thành phổ biến trong những đối thoại đời thường . Trong quá trình ‘nhận thức’ , ý thức chỉ là bước đầu khi một đối tượng lọt vào tầm.

Khi hỏi một Phật tử đâu là nguyên nhân của khổ, ai cũng có thể trả lời: Sinh, Lão, Bệnh, Tử. Đúng nhưng chưa đủ. Sinh lão bệnh tử là một biểu hiện của vô thường. Nghịch lý thay, không có vô thường thì không có đời sống!

Dựa trên giả định các hoạt động của Tâm tạo ra những cấu trúc não bộ mới (Hebb 1949) cho biết ý tưởng, tình cảm có thể để lại dấu ấn và ‘nặn hình’ (sculpt) tế bào não bộ. Nhiều thử nghiệm đã chứng tỏ là Tâm có thể thay đổi cấu trúc não bộ, thí dụ như các tài xế taxi ở Luân Đôn...

Trong cuốn Cơ sở Khoa học của Thiền Chánh Niệm tôi đề cập tính chất chủ yếu của Chánh Niệm là Bàng Quan (Let Be) và Buông Xả (Let Go). Tuy nhiên còn một giai đoạn thứ ba trong các liệu pháp mà các Bác sĩ Tâm thần áp dụng để chữa trị bệnh nhân là Let in,