Mục đích của tu Tổ Sư Thiền là làm ngưng lại dòng tâm ý thức (thường lưu) trôi chảy liên tục trong tâm con người từ thời vô thuỷ. Chư Tổ Sư dùng cơ xảo để làm cho đương cơ bật ngược lại, vượt qua bức màn vô minh từ thời vô thủy, vượt qua luôn bờ bên kia của vô thủy vô minh, hoàn toàn giác ngộ, như vàng đã tôi luyện, loại bỏ hết tạp chất.
Bản thể chân tâm của chúng ta vốn thanh tịnh, nhưng vì môt niệm bất giác, tức nhất niệm vô minh sinh khởi, nên sinh ra ý thức phân biệt, gây thành có ta, có cái không phải ta, sinh ra đối đãi, từ đó dòng tâm ý thức tham sân si dấy lên, ngày càng dầy đặc, càng trôi lăn trong vòng sinh tử luân hồi tạo nghiệp trả quả, vay trả không ngừng. Nay muốn trở về cội nguồn thì phải dừng được dòng tâm ý thức. Nghĩa là dừng lại những tạo tác của ý thức thường nghiệm, luồng tư tưởng, những ý niệm và nhận thức....