Sau một thời gian dài rất rực rỡ, tới thế kỷ thứ 3 hoặc thứ 4 sau CN, Phật giáo bắt đầu mờ nhạt dần. Cuộc suy vi tại Ấn Độ kéo dài chầm chậm trong một ngàn năm tiếp sau đó được các học giả phân tích với các nguyên nhân đa dạng. Tuy thế, trong đó có bốn lý do quan trọng nhất.
Tầm cao kinh tế xã hội
Lý do thứ nhất liên quan tới quá trình tiến triển của Phật giáo về mặt xã hội. Vào thời kỳ đầu, Phật giáo có sức lôi cuốn cực kỳ những người thuộc cấp bậc cao trong hệ thống phẩm trật kinh tế, chính trị và xã hội. Thậm chí trong thời cực thịnh, Phật giáo với truyền thống văn hóa và triết học rất cao, đã nhận được sự hỗ trợ mạnh mẽ của giới ưu tuyển chính trị và kinh tế. Điều ấy không có nghĩa Phật giáo tự mình đoạn lìa với các giai tầng xã hội thấp hoặc không thiết lập được cơ sở tại vùng nông thôn nơi sinh sống đa số dân chúng Ấn Độ. Tuy thế, nó có nghĩa rằng Phật giáo không trải rộng và thấu sâu vào người dân thường trong xã hội cho bằng Ấn giáo. Do đó, Phật giáo dễ bị tổn thương trước các sức mạnh đang làm thay đổi tình trạng kinh tế và chính trị.
Tình trạng cô lập của tu viện
Lý
do thứ hai liên quan mật thiết tới sự suy tàn của Phật
giáo tại Ấn Độ là hố ngăn cách ngày càng rộng giữa các
cộng đoàn tu viện và quần chúng Phật tử tại gia, mà cả
hai vốn được giả định là cùng kết hiệp chặt chẽ.
Theo
lý tưởng Phật giáo, giới tu sĩ và giới cư sĩ tương thuộc:
tu sĩ cung ứng lý tưởng tôn giáo và những lời giảng về
Phật pháp, còn cộng đồng cư sĩ cung cấp những hỗ trợ
vật chất như thực phẩm, y phục và nơi ở, nói theo kiểu
ngày nay là “hộ trì tam bảo”. Tuy nhiên, khi các tu viện
ngày càng trở thành những định chế tự túc dồi dào và
làm chủ đất đai, giới tu sĩ cảm thấy không nhất thiết
phải chăm lo vận động sự hỗ trợ của giới cư sĩ. Hậu
quả là mối liên hệ hỗ tương giữa họ và dân chúng dần
dần biến mất.
Sức sống của truyền thống Bà-la-môn
Khoảng năm 186 trước CN, triều đại Sunga nắm quyền ở bắc Ấn, khước từ Phật giáo và khích lệ các truyền thống “chính thống” của Ấn giáo. Từ thời điểm đó, Phật giáo phải đối mặt với sự hồi sinh của Ấn giáo. Tăng lữ Bà-la-môn sáng tạo các dạng thức mới mẻ để triển khai tư tưởng triết học của mình, thí dụ hệ thống Phi nhị nguyên chính thống của Sankara trong đó kết hợp nhiều cái nhìn thấu suốt của Phật giáo, để từ đó thiết lập các hình thức mới của đời sống thảo am và tu viện. Giới tu sĩ Bà-la-môn tìm cách chính thống hoá Đức Phật, xem ngài là một hóa thân của Vishnu, vị thượng đế có rất nhiều hóa thân, như Rama và Krishna, v.v…, và đưa ngài vào đền thờ các thần linh Ấn giáo.
Người Ấn giáo cũng đặt ra một hệ thống nghi lễ tôn giáo có tính tổng hợp, trực tiếp đáp ứng thoả đáng các nhu cầu tôn giáo và xã hội đa dạng của dân chúng. Cụ thể là sự hỗ tương ảnh hưởng giữa Mật tông Phật giáo và Mật giáo Ấn độ đã góp phần hóa giải ảnh hưởng đặc thù của Phật giáo. Trong khi đó, giới Bà-la-môn bắt đầu phát động các phong trào tận hiến, ra sức lôi cuốn sự yểm trợ rộng rãi của người dân Ấn, và Ấn giáo có thể thu hút và bảo lưu được ngày càng nhiều lòng trung thành của tầng lớp thượng lưu cũng như dân thường.
Các cuộc ngoại xâm
Trong thế kỷ 6, các đạo quân Bạch Hung càn quét qua nhiều khu vực Trung Á và tây bắc Ấn Độ. Sau người Bạch Hung, tới lượt các bộ lạc Trung Á tới và định cư giữa vùng bình nguyên sông Indus và Hằng Hà. Kế đó, qua thế kỷ 8, người Ả-rập Hồi giáo tới ở tại cửa sông Indus. Dần dà, các đạo quân Hồi giáo chiếm đóng luôn cả Đông Ấn. Khoảng thế kỷ 13, người Hồi giáo dựng lên một đế quốc bao gồm toàn bộ vùng Bắc Ấn. Trong dòng tiến quân của họ, các nhóm binh sĩ Ả-rập khác nhau phá huỷ nhiều trung tâm Phật giáo lớn, thiêu huỷ kinh sách và làm tiêu hao nhiều cộng đoàn tăng ni. Thêm nữa, một khi nắm quyền lực, người Hồi giáo xâm lăng đạt được những thành quả lớn lao trong việc cải đạo những tín đồ Phật giáo sang Hồi giáo.
Tới đầu thế kỷ 13, Phật giáo gần như bị triệt tiêu tại Bắc Ấn ngoại trừ một số ít nhóm sống rải rác. Tuy vậy, đạo Phật vẫn được thực hành tại Nam Ấn cho tới thế kỷ 15, rồi biến mất. Từ lúc ấy cho tới thế kỷ 20, tại Ấn Độ, Phật giáo được thể hiện chủ yếu trong những di tích đền đài cùng ảnh hưởng thẩm thấu và trường tồn trong Ấn độ giáo, Hồi giáo, đạo Sikh, và các truyền thống dân dã khác, làm thành văn minh Ấn độ. Ngay trong tâm thức của người Ấn giáo, kể cả các bậc đạo sư lẫn giới trí thức, Đức Phật vẫn là niềm hứng khởi và hình ảnh của một đấng cứu độ, đại tôn sư về tâm linh và giác ngộ.
Ở bên ngoài Ấn Độ, công cuộc hoằng pháp ngày càng thịnh đạt với những triển khai muôn hình muôn vẻ. Ngay từ đầu công nguyên, nhờ con đường truyền giáo Nam tông và Bắc tông, Phật giáo không biến mất mà càng lúc càng được kiến thiết và duy trì sống động trong cuộc sống hằng ngày trên các miền đất mới. Sang tới đầu thế kỷ 21, với tinh thần từ bi, phá chấp, phi cơ chế và chứng nghiệm của mình, Phật giáo ngày càng được đón nhận rộng rãi, đầy nhiệt tình trong giới trí thức phương Tây, và đang phát huy nền triết học thâm sâu cùng thể hiện tính cách bao dung và tự lực trên đường trở thành một tôn giáo thế giới.
