Hiện nay tại Thái Lan có hai chi phái đều thuộc hệ phái Phật giáoTheravada, đó là chi phái Maha Nikaya và chi phái Dhammayut Nikaya. Đến nay chi phái Maha Nikaya là phái lớn có dấu tích là phái truyền thừa trực tiếp đến việc thành lập Giáo Hội Phật giáo Thái Lan xuất phát ban đầu do Tăng đoàn Phật giáo Lanka truyền sang vào thời kỳ Sukhothai; chi phái Dhammayut thì do Hoàng tử H.R.HMongkut thành lập năm 1833, về sau ngài lên ngôi kế vị Vua cha; chi phái này nhỏ hơn phái Mahanikaya, dành riêng cho những vị nghiêm trì giới luật. Cả hai chi phái đều chịu sự chỉ đạo chung của Hội đồng Tăng Già Tối cao của Giáo Hội và Đức Tăng Thống, do đó những hình thức canh tân biệt truyền trong nội bộ các chi phái hiện nay phần nào được giảm đi đáng kể.
Ở các thế kỷ trước, Giáo Hội Phật giáo Thái Lan chịu sự quản lý của Sắc luật Giáo Hội được ban hành lần đầu tiên vào năm 1902, Sắc luật thứ hai của Giáo Hội ban hành năm 1941, và Sắc luật của Giáo Hội hiện nay được ban hành vào năm 1962 và đã được tu chính vào năm 1992. Có hai chi phái được luật pháp công nhận đều thuộc hệ phái Phật Giáo Đại thừa từ Trung Quốc và Việt Nam truyền sang, hai chi phái nầy cùng hoạt động với hệ phái Phật Giáo Theravada (gồm hai chi phái Maha Nikaya và Dhammayut đã nói trên). Cả hai hệ phái đều đặt dưới sự lãnh đạo chung của Đức Tăng Thống (Sangharaja) do Quốc vương ban chiếu chỉ sắc phong thông qua đề xuất của hệ phái Theravada; Đức Tăng Thống theo qui định tại vị suốt đời; giúp việc cho Đức Tăng Thống có Hội đồng Tăng già Tối cao (Mahathera Samakhom)cử ra một Ban thường trực gồm 8 vị ủy viên và một Hội Đồng Trị Sự gồm 12 vị ủy viên do Đức Tăng Thống bổ nhiệm.
Đứng đầu Hội đồng Tăng Tối cao của Giáo Hội là Đức Tăng Thống, ngài có nhiệm vụ và quyền hạn ban hành sắc luật của Giáo Hội, phê chuẩn ban hành các điều lệ, nội quy và bổ nhiệm các thành viên quản lý điều hành Giáo Hội do hai các hệ phái đề cử. Công tác quản lý điều hành Giáo Hội được giao cho một Văn phòng Phật giáo Quốc gia phụ trách, văn phòng này đảm nhiệm vai trò của một Ban thư ký Hội đồng Tăng già Tối cao của Giáo Hội. Văn phòng Phật giáo Quốc gia có trách nhiệm liên lạc và điều phối nhằm đạt hiệu quả cao nhất mọi hoạt động Phật sự của Giáo Hội với Nhà nước. Văn phòng này còn có nhiệm vụ chăm sóc chư tăng và các chùa trên cả nước khi có nhu cầu cần đến sự tài trợ từ ngân sách nhà nước và trợ cấp kinh phí hoạt động từ ngân sách chính phủ cho những tăng sĩ đảm đương công tác hành chánh phục vụ giáo hội.